Quando a criança tem microcefalia pode apresentar atraso mental, alterações físicas como dificuldade para andar, problemas de fala e hiperatividade ou convulsões, por exemplo. Além disso, a criança tem uma cabeça menor do que o normal, podendo precisar de ajuda para comer, tomar banho ou andar, por exemplo.
Porém, estas consequências da doença não surgem em todos os casos e, algumas crianças podem se desenvolver normalmente e ter uma inteligência normal porque isso depende da gravidade da sua microcefalia. Assim, as crianças que foram diagnosticadas ainda na gestação geralmente são as que tem mais limitações, enquanto que as crianças que foram diagnosticadas com microcefalia após o nascimento tem maiores possibilidade de se desenvolverem melhor.